Los polifenoles dietéticos o los residuos de tirosina de las proteínas de la dieta son compuestos a partir de los cuales se forman el p-cresol, el p-hidroxibenzoato y el p-hidroxifenilacetato. El cresol es altamente tóxico y es producido por las bacterias aeróbicas o microaerofílicas ubicadas en las porciones inferiores del intestino delgado a partir de las secreciones intestinales y de las proteínas procedentes de la dieta. Se ha visto que un alto porcentaje de pacientes adultos con enfermedad celiaca excretan cantidades elevadas de p-cresol. Las cepas de Escherichia coli pueden producir p-hidroxibenzoato. Los ésteres de p-hidroxibenzoato, llamados parabenos, tienen una actividad antibacteriana y son parte del mecanismo para establecer el dominio bacteriano en poblaciones intestinales.

Este es otro de los metabolitos orgánicos en orina. La aciduria p-hidroxifenilacética se ha encontrado útil en la detección de la enfermedad del intestino desgado asociada con la infestación de Gierdia Lamblia, la reserción ileal con asa ciega y otras enfermedades del intestino delgado asociadas con el sobrecrecimiento bacteriano anaaróbico.

Sus elevados niveles pueden indicar un aumento del metabolismo baceriano de las catequinas y el ácido cafeico de la dieta. Es un producto del metabolismo del triptófano. Las bacterias del intestino superior producen enzimsa que catalizan la conversión de triptófano en indol y el indol absorbido se converte en el hígado en Indoxilo, que luego se sulfata para permitir su excreción urinarIa.

El sulfato de indoxilo se conoce como Indican. Debido a que el intestino superior está scasamente poblado de bacterias, indican está presente en la orina a niveles bajos en individuos sanos. Un nivel elevado de indican en orina sugiere un sobrecrecimiento bacteriano en intestino superior. Los antibióticos orales no absorbidos reducen la excreción de indican. Esta también se reduce cuando el intestino está poblado de cepas de Lactobacillus a niveles superiores a 105 organismos/g. En pacientes con cirrosis hepática, la carga de triptófano puede producir manifestaciones neuropsiquiátricas debidas a la producción bacteriana intestinal de metabolitos del triptófano, como el indican.

Es un producto del metabolismo de los carbohidratos. Aunque bajas concentraciones de ácido láctico se producen por tejidos humanos, es un producto importante de varias cepas bacterianas que habitan en el intestino humano. Bajo condición de malabsorción de carbohidratos, el D-Lactato aumenta simultáneamente en sangre y en orina. Cuando as tasas de producción intestinal exceden la capacidad de eliminación, se produce acidosis D-Láctica. Cualquiera que sea el origen, lospacientes se manejan con antibióticos y probióticos, incluyendo Saccharomyces boulardii.

También es un producto del metabolismo de los carbohidratos y se produce por una cepa de bacterias aeróbicas. Este compuesto a PH fisiológico contiene tres cargas negativas, lo que le confiere carácter quelante. De hecho, se ha observado deficiencia de magnesio en rumiantes con un exceso de bacterias productoras de tricarballilato. Esta condición se conoce como "Tetania de hierba", también acompañada de niveles bajos de calcio y zinc.

Es uno de los metabolitos orgánicos en orina de la mayoría de las especies de Candida patógenas, tanto in vivo como invitro. Estos son de gran relevancia clínica debido a su transmisión por invasión de los tractos gatrointestinal y genitourinario. Además de lo anterior, también por su capacidad para condicionar las respuestas inmunitarias en muchos paciente. La mayoría de las especies de Candida crecen mejor en sustratos de carbohidratos.