Más del 90% de los pacientes con celiaquía presenta el heterodímero proteico HLA DQ2, ya sea codificado por los alelos HLA DQA1*05 y DQB1*02 en posición cis (haplotipo DQ2.5), más común en el centro y norte de Europa, o en posición trans (combinación de los haplotipos DQ7.5 [alelos DQA1*05 y DQB1*03:01] y DQ2.2 [alelos DQA1*02 y DQB1*02]), más frecuente en la cuenca mediterránea.
El resto muestra el segundo heterodímero de riesgo, HLA DQ8 (codificado por los alelos DQA1*03 y DQB1*0302), o son portadores de uno de los alelos del HLA DQ2 por separado, DQB1*02 (como parte de la molécula DQ2.2) o DQA1*05 (en la molécula DQ7.5). Por otro parte, existen algunas publicaciones que atribuyen riesgo a padecer enfermedad celíaca (EC) al heterodímero HLA DQ9, en concreto DQ9.3 (alelos DQA1*03 y DQB1*0303), pero aún no ha sido bien establecida su relación con la enfermedad. El estudio genético de HLA puede realizarse mediante diferentes aproximaciones como se describe más abajo. Además de conocer los haplotipos de riesgo que pueda tener el paciente, es interesante conocer la carga genética (1 ó 2 copias) de DQB1*02 (DQ2) y DQB1*0302 (DQ8).
La interpretación de los resultados del estudio genético en un individuo permite establecer varios grupos de riesgo en función de los alelos que posee. Se atribuye el riesgo mayor a los portadores del heterodímero DQ2 con dos copias del alelo DQB1*02, como son los homocigotos DQ2.5/DQ2.5 y los heterocigotos DQ2.5/DQ2.2; disminuyendo el riesgo en los portadores de una sola copia del alelo DQB1*02 y en los homocigotos HLA DQ8 (DQ8/DQ8). La presencia aislada del alelo DQA1*05 no permite descartar la EC, aunque sí puede excluirse en aquellos genotipos sin ningún alelo de riesgo. El 30% de la población sana presenta alguno de estos haplotipos, por ello el tipado genético de HLA-DQ debe emplearse como apoyo al diagnóstico de la EC, y tiene un alto valor predictivo negativo, permitiendo la exclusión de la enfermedad con un 99% de certeza.